(1)消费者在跨境电商平台下单完成支付;
(2)跨境电商平台通知第三方支付公司，将支付单报送至各关区清关服务平台;
(3)跨境电商平台将消费者订单报送至各关区清关服务平台;
(4)跨境电商平台将待清关订单信息通知第三方代理清关公司(保税仓);
(5)第三方代理清关公司(保税仓)获取电子运单号，结合待清关订单信息生成清单，报送至各关区清关服务平台;
(6)清关服务平台对支付单、订单、物流单、清单进行初步校验，通过后报送关、检、税、汇各管理部门业务系统;
(7)清关服务平台获取海关校验结果后(通过/不通过)，回传清关结果至代理清关公司，若通过，代理清关公司进行后续打包、清关等操作。
各业务单据报送均为异步执行，可分别报送至清关服务平台，但是跨境电商平台为了提高清关成功率，一般会优化该清关流程，如在收到支付单报送成功信息回执后，再向海关推送订单信息。
在电子清关过程中，有两个比较特殊的角色:第三方代理清关公司、清关服务平台。
在保税备货模式下，对于没有能力自建保税仓的平台，需要与区内第三方保税仓合作，商品运达境内关区完成商检后，进入第三方保税仓。一般情况下，区内保税仓公司通常均具备代理清关资质，能够完成订单申报、代缴税费等工作，同时区内保税公司通常有合作的境内物流公司。因此，第三方代理清关公司往往承担着仓储、订单作业、清关、物流配送等各项服务职能。
清关服务平台，又称“海关单一窗口”，在各关区没有清关公共服务平台前，跨境电商公司需要分别与地方海关、检验检疫、税务、外管系统进行对接。清关服务平台整合了各管理部门内部系统，形成一套统一的申报接口，从而有效降低了三单合一系统对接难度。
